Development of SCARs useful for species identification in the genus Lolium

Abstract - In order to obtain some species-specific sequences, random amplified polymorphic DNAs were analysed in two varieties belonging to Lolium mutiflorum Lam. and four belonging to Lolium perenne L. First, analysis was performed on bulks of individuals in order to screen oligonucleotides allowing amplification of species-specific bands. Then, we tried to amplify eight selected markers from 34 individuals belonging to L. perenne L. var. 'baltic' and 34 belonging to L. multiflorum Lam. var. 'wewo westerworld'. Southern hybridizations were performed in order to enhance detection of amplification products and to verify fragments homologies. We assessed the level of representation of putative markers in those varieties. Two markers were retained as species-specific ones. The sequences of both markers showed a strong homology to each other, allowing us to produce codominant sequence characterized amplified regions (SCARs). They allowed us to distinguish between the two studied varieties and were efficient enough to discriminate 13 other varieties in bulk analyses. (© Inra/Elsevier, Paris.)

Résumé - Développement de SCAR pour l'identification d'espèces dans le genre Lolium. Nous avons utilisé la technique RAPD (ADN polymorphe amplifié au hasard) sur deux variétés de Lolium multiflorum Lam. et quatre de Lolium perenne L., dans le but de développer des régions amplifiées de séquence connue (SCAR). Dans un premier temps, nous avons trié les amorces générant des profils polymorphes entre ces espèces, sur des mélanges d'individus. Puis nous avons amplifié les huit marqueurs RAPD sélectionnés, à partir de l'ADN de 34 individus pour la variété « baltic » de L. perenne L. et pour la variété « wewo westerworld » de L. multiflorum Lam.. Nous avons réalisé des hybridations afin d'accroître la sensibilité de la détection des produits d'amplification et de vérifier l'homologie de séquence entre fragments de même taille. Nous avons ainsi pu estimer le degré de représentation de ces marqueurs potentiels dans ces deux variétés. Finalement, seuls deux marqueurs spécifiques des deux variétés étudiées ont été retenus. Ces marqueurs ont montré une forte homologie de séquence et nous ont permis de dériver des SCARs codominants. Ils ont également permis de différencier 13 autres variétés lors d'analyses en mélanges de plantes. (© Inra/Elsevier, Paris.)