Agronomie 15 (1995) 569-579
DOI: 10.1051/agro:19950906

Polymorphisme des régions capside et 3'NTR de 3 isolats tunisiens du virus Y de la pomme de terre (PVY)

H. Fakhfakh^a, M. Makni^a, C. Robaglia^b, A. Elgaaied^a and M. Marrakchi<sup>a

a</sup>  Laboratoire de génétique et biologie moléculaire, faculté des sciences de Tunis, campus universitaire, 1060 Le Belvedère, Tunis, Tunisie
^b  INRA, laboratoire de biologie cellulaire, route de Saint-Cyr, F-78026 Versailles, France

Résumé - En Tunisie, le virus Y de la pomme de terre (PVY) occasionne des pertes importantes sur la production des cultures maraîchères, en particulier le piment. Le séquençage de la région 3' non codante (3'NTR) et de la région codant pour la protéine capside (CP) de 2 isolats de PVY d'origine piment et d'un isolat d'origine pomme de terre semble indiquer une corrélation entre les manifestations symptomatologiques de ces isolats et leurs propriétés moléculaires. La structure secondaire potentielle de l'ARN viral au niveau de la région 3'NTR montre des différences entre les 3 isolats. L'analyse de la séquence de la région codant pour la protéine capside suggère qu'un phénomène de recombinaison serait à l'origine de l'isolat d'origine piment PVY-P21.

Abstract - Sequence polymorphism in the 3'-NTR and the CP protein of 3 Tunisian isolates of the potato virus Y. In Tunisia, potato virus Y (PVY) causes yield losses, particularly on pepper cultures. Sequence analysis from the 3'-non-translated region (3'-NTR) and from the coat protein coding region (CP) of 2 PVY isolates from pepper and 1 from potato are in agreement with the biological classification. Potential RNA secondary structure analysis of the 3'-NTR region revealed additional differences between isolates. Phylogenetic analysis of these 3 sequences suggests that 1 isolate (PVY-P21) might have emerged through a recombination process.

Key words: PVY / 3'-NTR / secondary structure / CP

Mots clés : PVY / 3'NTR / structure secondaire / capside