Characteristics of random amplified polymorphic DNA markers discriminating Helianthus annuus inbred lines

Abstract - Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were used to discriminate between inbred lines of the sunflower Helianthus annuus. By testing one hundred 10-mer primers with DNAs from 4 lines, we obtained 40 primers showing polymorphism in at least one line. After selection of primers giving reproducible signals, 14 RAPD markers allowing the characterization of inbred lines of sunflower were obtained. Molecular studies of amplified fragments show that these markers are of the "presence/absence" type: a locus is characterized by 1 band for a line and by the lack of band for the other lines. Southern experiments with polymorphic RAPD fragments as probes gave smears as hybrization signals, indicating that the amplified fragments probably include highly repeated sequences.

Résumé - Caractéristiques des marqueurs RAPD permettant la discrimination de lignées d'Helianthus annuus. Nous avons testé l'utilisation de marqueurs RAPD (random amplified polymorphic DNA) pour permettre la discrimination de lignées de tournesol cultivé Helianthus annuus. En testant 100 amorces décamères sur les ADN de 4 lignées, nous obtenons 40 amorces révélant un polymorphisme. Nous montrons qu'en sélectionnant les amorces donnant des signaux reproductibles on obtient 14 marqueurs RAPD permettant de caractériser des lignées de tournesol. L'étude moléculaire des fragments amplifiés montre que ces marqueurs sont de type «présencelabsence» : un locus est caractérisé par une bande chez une lignée et l'absence de bande chez les autres lignées. Des expériences de Southern utilisant des fragments RAPD polymorphes comme sondes produisent des signaux d'hybridation en trainée, indiquant que les fragments amplifiés renferment vraisemblablement des séquences hautement répétées.