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Issue
Agronomie
Volume 17, Number 5, 1997
Page(s) 283 - 289
DOI http://dx.doi.org/10.1051/agro:19970503
Agronomie 17 (1997) 283-289
DOI: 10.1051/agro:19970503

Selecting genotypes by clustering, for qualitative genotype by environment interaction, using a non-symmetric inferiority score

J. Moroa and J.B. Denisb

a  Department of Forestry, Cifor-Inia, Apdo 8111, 28080 Madrid, Spain
b  Laboratoire de biométrie, Inra, F-78026 Versailles cedex, France

Abstract - A clustering method to reduce the difficulties in selection found in plant trials by the frequently existing qualitative or crossover interaction is described. It is based on an order-constrained inferiority score and avoids the need to postulate a model for the interaction. The resulting dendrogram is analyzed to arrive at a proper stopping point. Each final cluster includes a 'leader' genotype, which has the lowest inferiority score and would show no significant crossover (rank change) with the others. The method can be seen as a preselection of some genotypes, each one uniformly not inferior to others in the same group; the latter can be disregarded for subsequent analysis. When the procedure is compared with some previous proposals it seems to provide a better and simpler solution.


Résumé - Sélection des génotypes par classification, pour l'interaction qualitative entre génotypes et milieux, selon un score d'infériorité non-symétrique. Les interactions qualitatives génotype-milieu (changement de rang des génotypes d'un environnement à un autre) sont une difficulté majeure pour la sélection des meilleurs génotypes. Pour traiter cette difficulté une méthode nouvelle de classification des génotypes est proposée. Contrairement à d'autres approches récentes, basées sur une modélisation paramétrique, la méthode ne suppose aucune forme particulière de l'interaction et s'appuie sur un indice non symétrique calculé pour tout couple de génotypes sur l'ensemble des milieux (score d'infériorité). La classification obtenue est de type hiérarchique et à chaque étape les groupes de génotypes formés sont représentés par un génotype dit supérieur (leader) supposé uniformément meilleur que tous les génotypes de son groupe. L'idée finale est que le sélectionneur puisse restreindre son choix à un sous-ensemble de génotypes supérieurs; les autres génotypes ne présentent plus d'intérêt puisque inférieurs à au moins un génotype supérieur dans chacun des milieux. La règle d'arrêt utilisée pour l'interprétation du dendrogramme est fondée sur un test statistique de non changement de rang.


Key words: genotype-by-environment interaction / crossover interaction / qualitative interaction / clustering / inferiority score

Mots clés : interaction génotype-milieu / interaction qualitative / classification / score d'infériorité